呼吸是人体生理的正常活动，吸进氧气排出二氧化碳。正确的呼吸方法对于吹奏者非常重要，方法不对既不能吹好笛子，还会影响身体健康；方法正确符合人体生理的自然规律，不但能很好地演奏，还能锻炼吹奏者的肺扩量，使人体得到更多的氧气，促进血液循环，增强新陈代谢的能力。腹肌和横膈膜的运动能促使肠胃的蠕动，增强食物的消化，促进人体的健康。
呼吸的生理机制由胸廓的节律性扩大和缩小，以及由此引起的肺被动地扩张（吸气）和回缩（呼气）而实现。以肋骨运动为主的呼吸运动形式称为“胸式呼吸”，主要依靠胸廓中、上部肋间肌的运动使气吸人胸腔。其明显特征是肩向上抬，呼吸运动主要在胸廓中进行，吸气时横膈膜有些向上收，不能主动帮助呼吸动作，影响了胸腔容积向下扩展，因胸廓扩张受肋骨制约，所以吸气量不能达到人体吸气的最大容量，加上抬肩使上部肌肉紧张，呼气时也不易控制，因此容易使人紧张、疲劳。
以膈和腹壁肌肉运动为主的呼吸运动形式称为“腹式呼吸”。它的特点是整个腹腔（包括平常讲的“小肚子”，也称丹田）向外扩张。腹部无骨骼包围，伸缩范围大，吸气量较大。但由于胸部没充分运动，整个腹部运动内脏移位较大，气吸在下部，呼气时较费力，容易使人疲劳。用胸的下部和腹的上部同时运动力主的呼吸称为“胸腹式呼吸”，它是人体在自然状态下呼吸的有意识扩大。吸气时胸腔的下部和腹腔的上部同时向四周扩张，胸腔与腹腔之间的横隔膜同时下沉，随着肌肉运动，鼻子吸气，肺内进入空气。吸气时下腹（小肚子）肌肉同时收缩，不便小肚向外扩张，而让气在上腹和下胸吸满。呼气时胸下部肌肉和腹上部肌肉同时收缩，横服膜向上顶，下腹肌肉和臀部肌肉以至提肛肌都处于收缩状态，使吸人的气形成压力，源源不断地从口腔中吹出。
开始体会胸腹式呼吸的方法，可以平静地躺在床上仔细琢磨身体平常自然呼吸时的方法，然后再将其扩大，进行深呼吸。这样就能正确掌握胸腹式呼吸的要领。
吹奏时的呼吸与平时的呼吸是有所不同的，因吹奏中吸气量大，一般都用口鼻同时吸气，以加快速度。吸气也分慢吸和快吸两种，一般在乐曲开始前和演奏速度慢、旋律优美的曲子中可用慢吸的方法。要求吸气饱满充足，但也不要吸到不能再吸的极限，以免肌肉紧张，吹奏时无法控制。快吸一般用在快速乐曲中和没标换气记号的连续吐音之间（俗称“偷吸”）。
吸气时间有长有短，肌肉紧张度有大有小，但吸气方法都使用胸腹式。
吹奏时的呼气不是平常从两个鼻孔和口腔中自然呼出去的，而是从由嘴控制的“风门”（上下嘴唇之间，气息经过的空隙）吹出去的，所以胸腹肌肉收缩形成的压力和两颊以及嘴唇的有力控制（又称”嘴劲”、“口劲”），使吹出的一股气息（又称，旧风U形成均匀的、有节制的、有压力的气柱将笛子吹响。
吹奏中的呼气也不要呼到不能再呼的极限，以免肌肉紧张发颤，而应留二分余气，便于下次吸气迅速，使乐曲吹奏能自然连贯地进行。为了增大肺扩量，使气息更充足，平常可坚持长跑、游泳和做深呼吸运动。